O objetivo principal do ciclo de estudos integrado condizente ao grau de mestre em engenharia aeronáutica é fornecer qualificações reconhecidamente suficientes para o exercício da profissão de engenheiro aeronáutico, que se caracteriza pela realização de atividades de investigação, concepção, estudo, projeto, fabrico, construção, produção, fiscalização, controle de qualidade e gestão no setor aeronáutico. Além disso, com este ciclo de estudos pretende-se também formar indivíduos com qualificações suficientes para o acesso a programas de investigação mais avançados (doutoramento), que são frequentemente requeridos por algumas empresas e áreas de atividade do setor aeronáutico europeu.