A graduação em Engenharia de Sistemas, concentra-se na criação e gestão de estruturas de desenvolvimento de processos para responder às necessidades do mercado e apoiar a competitividade das organizações. Com a graduação em Engenharia de Sistemas, o ISEP forma profissionais com conhecimentos de engenharias clássicas (eletrotécnica, mecânica e química) e uma sólida formação em ferramentas de informática, matemática aplicada e competências específicas de gestão. O curso foi desenhado em parceria com a Associação Empresarial de Portugal (AEP) e segue boas práticas internacionais do modelo do CDIO , privilegiando a capacidade de conceber, desenvolver, implementar e operar. Através de um processo de ensino-aprendizagem com forte componente prática, os estudantes são estimulados a desenvolverem competências técnicas e uma postura criativa e empreendedora na resolução de problemas. A avaliação contínua e progressiva inclui trabalhos de grupo no final de cada semestre e possibilita a realização do projeto final de curso numa empresa ou grupo de investigação.